A vulnerabilidade dos contextos indígenas tem descortinado um universo de ações necessárias à organização, à proteção e à disseminação do conhecimento indígena, o que pode refletir em ações que nascem com o propósito de contribuir com uma sociedade mais inclusiva. Esse artigo procura descrever os procedimentos metodológicos para o desenvolvimento de uma estrutura de classificação da língua Guarani-Mbyá, uma das línguas indígenas brasileiras, no âmbito da proposta da modelagem navegacional para o desenvolvimento do Protótipo para Gestão Conceitual do Léxico da língua indígena. A trilha metodológica foi construída sob uma perspectiva de diálogos interdisciplinares, de natureza qualitativa e do tipo descritiva, documental e aplicada, o que contribuiu para a compreensão e representação dos elementos essenciais do léxico Guarani-Mbyá e sua estrutura classificatória. Os dados foram coletados do Dicionário Bilíngue Guarani-Mbyá/Português, isolando-se as palavras com sentido básico, polissêmicos, sinônimos, antônimos e variedades dialetais. A estrutura classificatória, parte dos resultados da pesquisa, categoriza as palavras nos aspectos semânticos e sintáticos, identificando as relações entre eles. Os resultados obtidos confirmam a viabilidade da proposta, apresentando uma modelagem para o desenvolvimento de um Sistema de Recuperação da Informação no futuro.